رسالت اصلي انجمن علمي اعصاب اطفال ايران ارتقاي سلامت مغز و اعصاب كودكان ايراني است. اين رسالت از طرق ذيل تحقق مي‌يابد:

• همفكري و همكاري با هيات دانشنامه بيماري‌هاي مغز واعصاب كودكان در جهت تحقق رسالت و اهداف آن

• ايجاد ارتباط مؤثر بين فارغ‌التحصيلان رشته اعصاب اطفال

• حمايت صنفي از پزشكان اعصاب كودكان شاغل، در مسايل حرفه‌اي

• ايجاد ارتباط موثر بين صاحبان منافع در رشته در مورد رشته اعصاب كودكان (مردم، بيماران، دولت، صاحبان حرف مربوطه)

• جذب منابع و طراحي طرح‌هاي تحقيقاتي مفيد

• برگزاري برنامه‌هاي آموزشي مهم براي پزشكان و همچنين مردم

• طراحي و توليد بسته‌هاي آموزشي مناسب براي مردم و پزشكان

• مشاركت در طرح‌هاي وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشكي در جهت ارتقاي سلامت مغز و اعصاب كودكان

• ارتباط مؤثر با سازمان‌هاي مرتبط در سطح ملي و بين‌المللي